Berdiri pada tahun 1986 sebagai Kelas Filial dari SMA Negeri 1 Kota Tangerang (SK Mendikbud No. 887/O/29/1986) dengan nama SMA Negeri 1 Serpong. Pada tanggal 8 September 2004, berubah nama menjadi SMAN 1 Cisauk. Karena adanya pemekaran wilayah, maka sejak 25 Mei 2009 berubah nama nama lagi menjadi SMAN 2 Kota Tangerang Selatan hingga sekarang.

Moonzher atau dalam singkatan dikenal MZR adalah sebutan lain untuk SMAN 2 Kota Tangerang Selatan. Sebutan ini dikenal baik oleh para siswa maupun para alumni, bahkan lebih dikenal daripada nama sekolahnya sendiri. Moonzher itu sendiri berasal dari nama lokasi sekolah yang berada di walayah Muncul (Moon) Serpong (Zher). Istilah Moonzher dikenal sejak mula sekolah berdiri dan terus digunakan hingga kini.